Em 11 de agosto de 1970, o Conselho Universitário da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), CONSU, aprovou a indicação do Professor Roberto Alvahydo e de outros professores para promoverem a implantação do Instituto de Matemática, Física e Química da UFRRJ.

No entanto, já naquela época, funcionavam de forma independente, dois departamentos: O Departamento de Física e Química e o Departamento de Matemática e Estatística. Da mesma forma, já existia também o Curso de Mestrado em Química Orgânica (criado em 1966), que começou praticamente com dois docentes: Otto Richard Gottlieb (coordenador) e W.B. Eyton (oriundo da Universidade de Sheffield), contando com oito alunos.

Em 22 de junho de 1971, o Professor José Carlos Sena Maia, através do ofício nº 65 (processo nº 0693/71), solicitou a criação do Departamento de Física. Em 08 de dezembro de 1971, o CONSU homologou o pedido (resolução 09/71) e, finalmente, em 10 de março foi eleito o primeiro Chefe de Departamento de Física, sob a organização do Professor Horácio Macedo. De 1972 a 1980, assumiram a direção do antigo Instituto de Matemática, Física e Química, os Professores Roberto Alvahydo, Horácio Macedo e Jamil Correa Mourão.

Com a aprovação do regimento das Unidades Universitárias da UFRRJ (Deliberação nº 25, de 09/01/1980), o nome do Instituto de Matemática, Física e Química foi alterado para Instituto de Ciências Exatas – ICE.

Em 1994, foi implantado o curso de Doutorado em Química Orgânica. Em janeiro de 2008, a CAPES através do OFÍCIO/CAA/Nº 027- 03/2008, aprovou a alteração do nome do Programa, que passou a ser denominado Programa de Pós-Graduação em Química com três áreas de concentração (Química Orgânica, Físico-Química e Química Agrária) que reflete as linhas e projetos de pesquisa, disciplinas e perfil do corpo docente.

Todas essas transformações são marcos históricos de grande importância para a comunidade. Poucos, talvez, poderiam prever o desenvolvimento que o antigo Instituto de Matemática, Física e Química alcançaria nos anos seguintes à sua criação (1970) e, principalmente na virada do milênio, com as interligações dos campos do conhecimento, a utilização de modernas tecnologias no desenvolvimento de pesquisas de fronteira, na forma de manipulação e transmissão de informações técnicas e educacionais utilizadas nos Departamentos.

O ICE contou com a administração dos Diretores:

Francisco Ademar Costa (1980 – 1982);
Olavo Divino Vieira (1984 – 1986);
Raimundo Braz Filho (1986 – 1990);
Lucio Vitório Iannarella (1990 – 1995);
Silas Varella Faiz Jr. (1994 – 1997);
Eliza Helena de Souza Faria (1997 – 2005);
Miguel Angelo da Silva (2006 – 2008);
Luiz Holender – Pro-tempore – 2008.

Atualmente, o ICE encontra-se sob a Direção do Professor João Batista Neves da Costa desde Julho de 2008.