A história do Instituto de Agronomia da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, confunde-se com a história do Ensino Agrícola no pais. Iniciou-se com a inauguração da Escola Superior de Agronomia e Medicina Veterinária (ESAMV) em 4 de julho de 1913, possuindo um campo experimental e de prática agrícola na localidade de Deodoro-RJ, sendo porém, fechada, por falta de verbas, em 1915.  Voltou a funcionar em março de 1916, com o mesmo nome, pelo Decreto nº 12.012 de 29/03/1916, ano em que formou a primeira turma de Engenheiro Agrônomos. Pelo Decreto nº 12.894, de 28/02/1918, a sede da ESAMV foi transferida para a cidade de Niterói, no Estado do Rio de Janeiro, onde se encontravam instalados a Secretaria da Agricultura e o Horto Botânico do Estado do Rio de Janeiro, na Alameda São Boa Aventura, nº 770. Pelo Decreto nº 17.768, de 12/04/1927, a sede da ESAMV foi transferida de Niterói para o edifício onde se encontrava instalado o Departamento Nacional de Produção Mineral, na Avenida Pasteur, nº 404, Praia Vermelha, Rio de Janeiro.

Posteriormente, essas Escolas transformaram-se em Escola Nacional de Agronomia (ENA) e Escola Nacional de Veterinária (ENV), conforme respectivos  Decretos nº 23.857,  de 08/02/1934 ,  e nº 23.858, de mesma data, sendo a ENA subordinada à Diretoria de Ensino Agrícola do Departamento Nacional de Produção Vegetal do Ministério da Agricultura.

Ainda em março de 1934, essas Escolas tiveram seus regulamentos aprovados e tornaram-se estabelecimentos padrão de ensino agronômico e veterinário do País.  Em 1936, por força de Portaria Ministerial, de 14/11/1936 (D.O. de 30/11/1936), tornaram-se independentes, com a aprovação de sues respectivos regulamentos.

Com a Lei nº 452, de 05/07/1937 (D.O. de 10/07/1937), foi organizada a Universidade do Brasil, na qual estavam incluídas a Escola Nacional de Agronomia e a Escola Nacional de Veterinária.  Nesse ano, tiveram essas Escolas suas denominações alteradas para “Faculdade de Agronomia” e “Faculdade de Veterinária” (Lei nº 435, D.O.de 10/08/1937).

Pelo Decreto-Lei nº 982, de 23/12/1938, a Faculdade de Agronomia passou a órgão do CNEPA – Centro Nacional de Ensino e Pesquisas Agronômicas, do Ministério da Agricultura.

A Escola Nacional de Agronomia (ENA) foi incorporada à Universidade Rural, criada em 30 de dezembro de 1943, conforme Decreto-Lei nº 6.155, que passou a ter novas denominações conforme Decreto nº 48.644 de 01/08/1960, Lei Delegada nº 9 de 1962 e Lei nº 4.759 de 20/08/1965, respectivamente, Universidade Rural do Rio de Janeiro, Universidade Rural do Brasil e Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro; esta já na esfera do Ministério da Educação, conforme Decreto nº 60.731 de 19/05/1967.

Em 1974 foi aprovado o Estatuto e Regimento Geral da UFRRJ, conforme Parecer nº 3.716/74 do Conselho Federal de Educação, homologado pelo Exmº Senhor Ministro da Educação e Cultura, em despacho exarado no Proc. GMBSB nº 005-709, publicado no D.OU. de 02/12/1974, modificando assim a estrutura da Instituição, sendo criadas Unidades Universitárias – Institutos, e subunidades de ensino – Departamentos Didáticos.  Com esta reestruturação foram criados entre outros, os Departamentos de Solos, Fitotecnia e Geologia, vinculados do Instituto de Agronomia.