De acordo com a Deliberação UFRRJ N° 015/2012, Art. 63, a estrutura acadêmica da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro se organiza em unidades de ensino superior denominadas Institutos e em subunidades denominadas Departamentos, que desenvolvem atividades de ensino, pesquisa e extensão.
§ 6º – O Departamento, de caráter acadêmico-administrativo e indivisível em sua organização, é a menor fração da estrutura universitária e instância básica de articulação docente, oferecendo atividades de ensino, pesquisa e extensão, garantindo espaço de agregação, aprofundamento e discussão de docentes, discentes e técnicos.